指数基金的投资运作包括投资组合的构建、调整、头寸管理、业绩归因分析等一系列重要环节。

在确定指数基金所跟踪的指数之后，通常基金经理会根据指数中各成分股的不同权重，按比例进行组合的构建，构建的方法一般有完全复制法、分层抽样法、行业配比法等等。

建仓结束后，指数基金便进入日常投资运作阶段。基金经理需要关注指数组合中成分股的公司行为（如上市公司分红、配股等除权除息行为或停牌等），通过分析公司行为对指数的影响，确定如何对指数基金中的成分股比例进行调整，以便确保将跟踪误差控制在合理范围内。

对于普通的开放式指数基金，投资者对基金份额的申购赎回是影响指数基金投资运作目标的重要因素。投资者对基金份额的申购和赎回会使投资组合中的股票持仓比例和现金比例发生变化，若不及时进行调整，可能会造成跟踪误差过大，从而偏离投资目标。基金经理根据每日的申赎变动情况，及时确定如何对成分股比例进行调整，并通过程序化交易的方式进行调仓。指数基金的头寸管理还要求基金经理关注组合中的可用现金比例是否能够满足交易的需要，股票仓位是否符合基金契约中的要求等，可见头寸管理对于指数基金的正常投资运作有着十分重要的意义。

由于标的指数本身的业绩计算中仅仅将成分股的调整、比例的调整等进行简单处理，并没有考虑实际交易可能带来的交易成本等问题，因此，交易成本也是影响指数基金投资目标和跟踪误差的重要因素之一。

ETF是特殊的指数基金，它除了具备指数基金的一般特点外，还可以提供投资者在一、二级市场申购赎回、买卖或通过一、二级市场进行套利交易，是一种更为灵活的指数基金。