指数基金的运作透明度高，最重要的原因就是其投资标的透明。

大多数指数的信息都是公开发布的，指数编制公司会将成份股入选的标准、指数计算的标准、调整的标准明确公告，成份股的名单和权重也往往定期公开，包括实时的指数点位都可以从各种行情系统中查询到，因此投资人也就可以了解到跟踪该指数的指数基金大致的投资标的清单和权重，甚至可以大致计算出最新的净值水平。

尤其是ETF，交易所几乎实时地发布其净值的预估数字，基金管理人也是每天公布申购赎回清单，投资对象一目了然，完全透明。