甲流第二波开始出现，此次甲流大流行始于今年4月，由于墨西哥以外地区感染病例病情普遍较轻，一度淡出人们的视野。但8月底开始，风云突变。
进入9月以来，国内甲流病例数开始明显增多，并且不断出现聚集感染病例和重症病例。8月24日至9月10日，本土病例新增3696例，占同期确诊病例94.8%。聚集性疫情明显增多，统计显示，6月下旬以来我国内地共报告207起，其中8月份以来共报告188起，学校和学生活动相关疫情报告179起，占86.5%。
截至9月16日的统计显示，国内感染甲流病例数已突破万人大关。
国际方面，根据世卫组织9月4日发布的不完全统计，仅在8月份的最后一周，全球累计甲流者就从20万例猛增到25万例，死亡者数量也从2185人增长到2837人。
世卫总干事陈冯富珍指出，“随着北半球冬季的来临，甲流第二波爆发亦开始出现”。
民生证券分析师练乐尧表示，总结甲流大流行的经过，目前国内疫情明显处于大流行的第二波阶段。具体将表现为以本土原发病例为主、发病人数大幅增加、聚集病例出现、从一线城市向二三线城市蔓延等。在流感大流行时期，第二波的危害程度和防控难度往往要明显大于第一波，因此我国的甲流疫情正处在最严峻的时刻。
理财一周报记者调查发现，甲流疫情已经蔓延到东北一些二线城市，甚至出现某些高校封校的情况。
练乐尧预计，国内的甲流疫情将延续到明年3月，当然在这期间有引起恐慌的发病高峰，也会有渐被遗忘的疫情低谷。
“目前正逐步进入秋冬季节，冷空气活动频繁，气温起伏波动大，是季节性流感和伤风感冒的高发期。此时不仅人体对感冒病毒抵抗力下降，而且季节性流感与甲流病毒发生基因重组的可能性也显著增加；从以往流感大流行的情况看，一次世界范围的大流行往往前后要持续1年甚至更长时间；我国发生流感大规模流行的社会、自然条件十分成熟。从社会条件看，我国人口密度高、流动人口多、各地公共卫生条件差异大，有利于病原体的传播。” 练乐尧认为主要有三点原因。
在甲流的重压之下，以华兰生物（002007）、天坛生物（600161）为首的相关概念股票反复活跃。
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