期现套利的盈利往往在十几至几十个点，因此操作成本控制至关重要。操作成本主要来自3个方面：资金成本、交易成本和冲击成本，其中交易成本是最大的成本。

资金成本

资金成本是因使用资金而产生的成本。如果投资者进行套利的资金来自银行借贷，那么需要支付套利期间的利息费用。如果套利资金是自有资金，那么投资者则损失了套利期间可以获得的银行利息。可见，不论投资者的资金是借贷资金还是自有资金，都需要考虑资金的使用成本。资金成本一般使用无风险利率来计算，国内采用上海银行间同业拆借利率（Shibor）。

交易成本

不论是期货交易还是基金交易，都需要交纳手续费。不同投资者的手续费标准会差异很大，因此我们这里只是将交易所的最高或者最低标准列出来进行比较。根据交易所规定，股指期货交易手续费最低为万分之五。基金方面的手续费比较高，交易所规定的最高佣金标准为0.3%。投资者如果执行T+0套利交易，需要进行ETF基金的赎回操作，佣金最高标准为0.5%；同时，在进行股票卖出操作的时候，还要加收0.1%的过户费和0.1%的印花税。可见，执行T+0的套利操作，成本将会增加很多。因此除非特别好的交易机会，不然还应以T+1交易为主。

冲击成本

冲击成本是指在交易中需要迅速且大规模地买入或者卖出期货合约或者基金组合，但是未能按照预定价位成交，从而多支付的成本。冲击成本是无法避免的，同时也是最难估算的。期货的冲击成本一般在1个指数点以内，而基金的冲击成本则和基金的流通规模有关，如果基金流通规模较大，那么冲击成本就会很小，可以控制在千分之几的范围以内。从另一个角度上讲，如果套利资金过大，将会大大增加冲击成本。因此套利资金应当控制在一个相对比较合理的水平，不宜过大。